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Burg Trausnitz wurde 1204 von Herzog Ludwig I. (Beiname "der Kehlheimer") gegründet und war gegen 1235 fertiggestellt. Aus dieser Zeit ist unter anderem die Burgkapelle mit reichem Figurenschmuck (um 1230/1235) erhalten.

Im 16. Jahrhundert wurde sorgten Herzog Wilhelm V. und seiner Gemahlin Renata von Lothringen für den Umbau in ein Renaissanceschloss. So entstanden zwischen 1568 und 1579 der "Italienische Anbau" und die Laubengänge im Innenhof. Im Inneren wurde die "Narrentreppe" mit Wandmalereien geschmückt, die Szenen der "Commedia dell'Arte" zeigen. Die Arbeiten erfolgten unter der künstlerischen Leitung von Friedrich Sustris.

Während der "Kronprinzenzeit" des späteren Herzogs Wilhelm V., dem Sohn Herzog Albrechts V., erhielt wohl auch der so genannte "Damenstock" an der Ostseite des Burghofes seine heutige Gestalt.

Nach einer mehrmaligen Nutzung der Burg als Kriegslazarett (1806, 1813, 1866) und Cholera-Spital (1831), setzten 1840 erste Sicherungs- und Restaurierungsarbeiten ein. König Ludwig II. ließ sich 1869 bis 1873 im 2. Obergeschoss des Fürstenbaues - an der Westseite des Burghofes - ein prächtiges "Absteigequartier" einrichten.

Seit 1918 im Besitz des Freistaates Bayern, beherbergte die Burg das Archiv des Regierungsbezirks Niederbayern. Historische Räume und Archiv nahmen - vor allem im Fürstenbau - durch einen Brand im Oktober 1961 schwersten Schaden. Wiederherstellungsarbeiten erlaubten ab 1968 die schrittweise Wiedereröffnung von Raumfolgen für Besucher. Seit 2004 befindet sich in einigen Räumen die "Kunst- und Wunderkammer Burg Trausnitz" als Zweigmuseum des Bayerischen Nationalmuseums.